Die Stiftung wird mit bis zu 0,5 Prozent des operativen Gewinns, den die Deutsche Bahn pro Geschäftsjahr erzielt, ausgestattet. Der von der Deutsche Bahn Stiftung als eigenständige gemeinnützige Institution verfolgte Zweck ist die ideelle und materielle Förderung der Allgemeinheit. Schwerpunkte der Fördertätigkeit sind die Bereiche Bildung und Kultur, Integration und Fürsorge, Klima- und Naturschutz sowie humanitäre Hilfe.

Strategie und Programm der Deutsche Bahn Stiftung werden vom Beirat der Deutsche Bahn Stiftung gGmbH festgelegt. Bis Ende des Jahres 2013 soll der Beirat die konzeptionellen Leitlinien der Stiftung entwickeln und verabschieden. Zu Geschäftsführern der Stiftung wurden Joachim Fried und Jürgen Jostmeier bestellt.