Strategie und Programm der Deutsche Bahn Stiftung werden vom Beirat der Deutsche Bahn Stiftung gGmbH festgelegt. Bis Ende des Jahres 2013 soll der Beirat die konzeptionellen Leitlinien der Stiftung entwickeln und verabschieden. Zu Geschäftsführern der Stiftung wurden Joachim Fried und Jürgen Jostmeier bestellt.